En effet, le nom du groupe est dédié à Robert jamison Van Der Graaf, physicien américain (1901-1967), mort peu de temps avant la formation du groupe, inventeur d'un "accélérateur électrostatique" !!!
Quant au pourquoi, pas de trace, il resterait sans doute à chercher dans "Van Der Graaf Generator, The Book", malheureusement assez difficile à trouver (sur Amazon.uk ?).

« Van der graaf generator » vient de Chris Judge Smith (membre fondateur avec Peter Hammill) qui était obsédé par les noms tarabiscotés. Si personne n’avait mis un frein à ses délires, le groupe se serait appelé « Zeiss Manifold and the Shrieking Plasma Exudation ».

Source : livret de « The Box », page 3.

En référence à Robert Van Der Graaf, physicien créateur d'un amplificateur acoustique portant son nom "Van Der Graaf Generator".
Ce "générateur de sons" accentuait les décibels et les fréquences d'une façon gigantesque et assez destructrice.