Salut,
A la base, il y a une différence de label entre les deux pseudos. AFX c'est sur Rephlex (le propre label de Richard D. James) et Aphex Twin sur R&S Records puis sur Warp. On peut quand même citer des exceptions : les Hangable Autobulb 1 et 2 d'AFX sont sortis sur Warp et l'Analord 10 d'Aphex Twin est sorti sur Rephlex.

En fait, le pseudo d'AFX est apparu en 1993 pour la sortie de l'Analogue Bubblebath 3, puis pour la réédition du premier Analogue Bubblebath, qui était sorti sous le pseudo d'Aphex Twin en 1991 (faut suivre).

Musicalement parlant, AFX c'est surtout de l'Acid-House (genre électronique midtempo et mélodique qui utilise une gamme d'instruments bien définie). Rien de très révolutionnaire donc. Aphex Twin, c'est tout un enchaînement de styles, c'est bien plus expérimental et innovant. Chez Aphex Twin il y a des rythmiques très complexes et un côté orchestral que l'on ne retrouve pas chez AFX (sauf sur les deux Hangable Autobulb).

Je dirais, pour finir, qu'Aphex Twin est bien plus intéressant qu'AFX, surtout pour ceux qui n'apprécient pas tellement la musique électronique du début des années 90. D'autant plus que chacun des deux pseudos semble avoir une utilité différente pour Richard D. James : expérimentations et paradoxalement ventes à grande échelle pour Aphex Twin ; confidentialité et retour aux sources pour AFX.

Voilà, j'espère que ma réponse te satisfait.
A+